A mi al principio también me echaba del msts antes de poder ver la ruta, pero con vuestras indicaciones lo he conseguido (la ruta es impresionante).
Os pongo los pasos:
instalo la ruta (obvio)
hago una copia de mi tsection.dat (en la carpeta global) por lo que pueda pasar
copio el tsection.dat que está en la carpeta varios tal como se indica en la carpeta global
creo las carpetas ACTIVITIES SERVICES y TRAFFIC dentro de la carpeta de la ruta tal como indicaron otros foreros; en estas carpetas no se mete ningún archivo (ignoro si el programa los crea)
en la carpeta global/shapes hay que añadir los archivos a1t0_2mStrt.s y a1t0_2mStrt.sd (esto lo lei también a un forero y buscando los encontré en el foro, no recuerdo dónde exactamente pero es fácil). Es posible que ya tengas esos archivos, si es así este paso te lo saltas
Cargo la ruta con trainstore y a disfrutar
PD: he ido desde Gijón a Oviedo (con la UT 440-178) y no se me ha colgado