Bueno, supongo que al "path" del mercancías le pusiste los "reverse point" cerquita del semáforo ¿no? Después al hacer la actividad para rebasarlos hay que asegurarse de hacer el pequeño retroceso...
También comprueba que en el "path" del tren de pasajeros no hubiera ningún obstáculo (un consist por medio, por ejemplo). Mira a ver con el editor de actividades si ocurre lo mismo en la simulación o ahí va bien.
De todas formas, a veces el MSTS es muy caprichoso y si se obstina en no hacer lo que tu quieres y tienes que buscar alternativas ( como tirar el path por otra via).
Así, en general, no sé que más...
Échale también un vistazo al foro con el buscador poniendo "reverse point" y a lo mejor encuentras algo que también te ayude.
Saludos.